¿En qué consiste?
Los métodos de Cribado Virtual (CV) pueden ayudar considerablemente en el proceso de descubrimiento de nuevos fármacos y en investigación clínica, prediciendo como los ligandos interaccionan con determinadas dianas terapéuticas. La mayoría de los métodos CV suponen la existencia de un único sitio de unión con la proteína, que normalmente se deriva de la interpretación de la información cristalográfica disponible sobre la proteína. No obstante se ha demostrado que esto es incorrecto y que en muchos casos diferentes ligandos interaccionan con partes distintas de la proteína, y la mayoría de métodos existentes, incluso comerciales, de CV no tienen en cuenta este efecto.
Para solucionar este problema hemos desarrollado BINDSURF, una nueva metodología de CV que analiza detalladamente la superficie de la proteína para encontrar ponteciales zonas de interacción donde los ligandos podrían interaccionar, y que ha sido diseñada e implementada en hardware masivamente paralelo tal como GPU, lo cual permite procesar rápidamente y de manera eficiente grandes librerías de ligandos.
Las predicciones obtenidas con BINDSURF pueden además guiar la aplicación posterior de otros métodos de CV a zonas de la proteína ya caracterizadas por éste método, y por tanto su utilización ayuda en el descubrimiento y diseño de fármacos, en el reposicionamiento de moléculas, y en la investigación clínica.
¿Cómo colaboro?
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Equipo de investigación
BINDSURF fue desarrollado incialmente en el Grupo de Investigación de Arquitectura y Computación Paralela de la Universidad de Murcia (http://www.um.es/gacop) y se encuentra actualmente en desarrollo por el Grupo de Investigación de Bioinformática y Computación de Alto Rendimiento de la Universidad Católica de Murcia San Antonio (http://bio-hpc.eu).
Para saber más
Información más detallada sobre BINDSURF se puede encontrar en:
http://bio-hpc.eu/software/bindsurf/