Proyecto COVID-PHYM: estado de la plataforma y la investigación

El proyecto COVID-PHYM comenzó el pasado 24 de abril, y tiene como principal objetivo de realizar simulaciones de posicionamiento de ligandos (“docking”) en un receptor diana tal como se describe en el dossier científico publicado por CSIC/Ibercivis. 

Desarrollo de las primeras etapas del proyecto científico

¿Qué hemos calculado con la ayuda de los ordenadores que colaboran en el proyecto? 

• Hasta la fecha (24/06/2020) se han enviado más de 800 mil unidades de trabajo. En cada unidad de trabajo, se han realizado 10 cálculos independientes de “docking”. El resultado de cada uno, son las 20 posiciones de menor energía de interacción entre el ligando y el receptor. De esta manera hemos obtenido, casi 170 millones de posiciones, que en estos momentos estamos analizando y clasificando. 

• Los cálculos se han realizado con dos receptores diferentes: la RdRp del SARS-CoV, la RdRp del SARS-CoV-2 utilizando “Vina Autodock en las modalidades de receptor rígido y flexible” y otros dos conjuntos de receptores sometidos previamente a una dinámica molecular. Se han calculado hasta la fecha los resultados con tres fármacos antivirales y con el ATP de referencia. 

• Las primeras cuatro semanas se han dedicado fundamentalmente al envío de las unidades de trabajo y a la recogida de los cálculos correspondientes, corrigiendo los posibles contratiempos que se han venido produciendo en el envío y recogida de datos. Una vez estabilizado el flujo de trabajo se han ido generando los diferentes resultados hasta completar lo establecido en el párrafo anterior totalizando las siete semanas de actividad. 

¿Qué estamos analizando científicamente en estos momentos? 

• Durante las tres últimas semanas el equipo científico ha estado analizando en detalle los datos proporcionados por BOINC con relación a dos de los fármacos propuestos en el proyecto. Son los antivirales Remdesivir y Tenofovir ligados al tratamiento del ébola y del VIH y hepatitis B respectivamente. Actualmente el equipo científico continúa evaluando los datos. 

¿Que nos falta por calcular en los ordenadores que colaboran en el proyecto? 

• A lo largo de las próximas semanas, enviaremos a la plataforma BOINC, las unidades de trabajo correspondientes a tres ligandos adicionales con los receptores rígidos y flexibles en las mismas condiciones arriba mencionadas. 

• La estimación es que estos cálculos de “docking “ estén terminados en unas seis u ocho semanas dependiendo de la participación ciudadana. En ese momento detendremos el envío de unidades de trabajo para centrarnos en el análisis pormenorizado de todo el conjunto de datos. Dependiendo de los resultados, se podrán enviar nuevos cálculos a BOINC para profundizar en el tema. 

La Plataforma BOINC y la participación ciudadana del proyecto. ¿Quieres apuntarte y participar?

Desde su inicio en abril, 4010 ordenadores se han conectado a la plataforma BOINC para realizar cálculos para el proyecto de manera voluntaria. Debido al parón obligado por el mantenimiento de los servidores de la Universidad de Zaragoza, en estos momentos los ordenadores voluntarios poco a poco vuelven a conectarse de forma automática a la plataforma para seguir con su labor de cálculo. A todos vosotros, os pedimos disculpas por los inconvenientes y ¡muchas gracias!

La fase de cálculo y recogida de resultados del proyecto Covid-Phym se alargará al menos hasta finales de julio de 2020, por lo que aún hay tiempo y unidades de trabajo para todo ciudadano que quiera participar en el proyecto.

Tan solo hay que descargar e instalar en el dispositivo la aplicación de BOINC siguiendo estos 4 pasos:

Es importante señalar que la participación en el proyecto COVID-PHYM con tu ordenador es absolutamente segura, toda la comunicación entre los ordenadores participantes y el servidor de recogida de datos se realiza de manera cifrada, tal y como impone el protocolo BOINC de seguridad, vigente desde sus inicios, y que no ha ocasionado problema alguno en los millones de ordenadores que se han conectado desde entonces.

Además, si tienes alguna duda, cuestión o problema a la hora de conectar tu ordenador a la plataforma, o durante el desarrollo del proyecto, puedes acudir a la comunidad de usuarios que participan como tú y que estarán encantados de poder echarte una mano en la configuración de tu dispositivo. Hay disponible un foro de discusión en la página web del proyecto, y toda una comunidad de entusiastas de la plataforma reunidos en torno al Canal BOINC, donde encontrarás toda la ayuda que puedas necesitar. El Canal BOINC es una de las comunidades de habla hispana más importantes del mundo en computación distribuida.

¡Gracias por vuestra participación!